BBPP Batu dibentuk atas prakarsa kerjasama pemerintah Indonesia dan pemerintah Belanda pada tahun 1977 dengan nama Regional Dairy Training Centre (RDTC) yang bergerak dalam bidang peternakan dengan tenaga ahli dari Belanda. Pada tahun 1982 lembaga RDTC berubah nama menjadi Balai Latihan Pegawai Pertanian (BLPP). Pada tahun 2002, BLPP berganti nama menjadi Balai Diklat Pertanian (BDP) dan sesuai dengan surat Keputusan Menteri Pertanian No. 334/Kpts/OT.210/5/02 BDP berganti nama menjadi Balai Diklat Agribisnis Persusuan dan Teknologi Hasil Ternak (BDAPTHT) sebagai Unit Pelaksana Teknis (UPT) yang secara organisatoris berada di bawah dan bertanggungjawab kepada Kepala Badan Pengembangan SDM Pertanian Departemen Pertanian. Tahun 2003 sesuai dengan Surat Keputusan Menteri Pertanian No. 489/Kpts/OT.160/10/2003, BDAPTHT meningkat status kelembagaannya menjadi Balai Besar Diklat Agribisnis Persusuan dan Teknologi Hasil Ternak (BBDAPTHT). Dan terakhir pada tahun 2007 berdasarkan surat persetujuan Menteri Pendayagunaan Aparatur Negara Nomor : B/282/M.PAN/2/2007 tertanggal 7 Februari 2007 BBDAPTHT berubah menjadi Balai Besar Pelatihan Peternakan (BBPP) Batu. Untuk menindaklanjuti kebijakan penyederhanaan birokrasi guna mewujudkan organisasi Kementerian Pertanian yang lebih proporsional, efektif dan efesien, pada tanggal 17 Januari 2023 ditetapkan Peraturan Menteri Pertanian Nomor 14 Tahun 2023 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksanan Teknis Lingkup Badan Penyuluhan dan Pengembangan Sumber Daya Manusia Pertanian.